Het bestuur van Moskee Wageningen zet zich in voor een open en inclusieve gemeenschap waarin educatie een belangrijke plek inneemt. Naast het organiseren van religieuze activiteiten bieden zij verschillende leertrajecten aan voor zowel kinderen als volwassenen. Hierbij ligt de nadruk op Koranmemorisatie en het ontwikkelen van Arabische taalvaardigheden, waarmee zij de groei en verdieping van de gemeenschap stimuleren.

Daarnaast vindt het bestuur transparantie en duidelijke communicatie essentieel. Door regelmatig te informeren en ruimte te geven voor dialoog, bouwen zij aan vertrouwen en betrokkenheid, zodat bezoekers zich gehoord voelen en goed op de hoogte blijven van de keuzes en ontwikkelingen binnen de moskee.

Alle bestuursleden hebben een gelijkwaardige positie in de besluitvorming. Geen van de bestuursleden is zelfstandig bevoegd om besluiten te nemen namens Stichting Internationaal Islamitisch Centrum Wageningen. Het bestuur vergadert tenminste tweewekelijks.